Microscopen worden ingedeeld op basis van het principe van microscopie en kunnen worden onderverdeeld in polarisatiemicroscopie, optische microscopie, elektronenmicroscopie en digitale microscopie.
1. Polarisatiemicroscopen zijn een type microscopen dat wordt gebruikt in onderzoeksinstituten voor transparante en ondoorzichtige anisotrope materialen. Ze hebben belangrijke toepassingen in wetenschappelijke en technische richtingen, zoals geologie.
2. Optische microscopen bestaan meestal uit optische onderdelen, verlichtingsonderdelen en mechanische onderdelen. Een optische microscoop kan een object 1600 keer vergroten, met een minimale resolutielimiet van 0,1 micrometer.
3. Elektronenmicroscopen hebben vergelijkbare basisstructurele kenmerken als optische microscopen, maar ze hebben een veel hogere vergrotings- en resolutiecapaciteit voor objecten, waarbij elektronenstroom wordt gebruikt als een nieuwe lichtbron om objecten in beeld te brengen.
4. Draagbare microscopen zijn voornamelijk een uitbreiding van de reeks digitale microscopen en videomicroscopen die de afgelopen jaren zijn ontwikkeld
